Истражувачите го бараат потеклото на новите варијанти со надеж дека ќе откријат повеќе за тоа од каде доаѓаат.
Непознати варијанти на вирусот кој предизвикува болест Ковид-19 се пронајдени во канализацијата во New York, што повторно предизвика загриженост дека новиот коронавирус наоѓа начини да избега од имунитетот, пишува Live Science.
Се чини дека варијантите во овој момент не се подготвени да избијат и да предизвикаат нова епидемија. Нивниот удел се растел и паѓал заедно со стапките на случаи во New York, а нема знаци дека овие верзии на вирусот стануваат се почести со текот на времето. Но, мутациите забележани во мистериозните варијанти се слични на оние што ѝ дозволуваат на варијантата омикрон делумно да го избегне имунитетот стекнат од вакцинацијата и претходните инфекции, рече John Dennehy, виролог од The Graduate Center при Универзитетот во New York, кој го водел истражувањето.
„Фактот дека варијантата омикрон е дојдена однекаде од непознато и дели многу од своите мутации со непознатата варијанта што ја наоѓаме во New York, предизвикува сериозна загриженост дека сè што гледаме може да ја најде вистинската комбинација на мутации што би го направиле многу преносливо“, изјави Dennehy за Live Science.
Она што исто така загрижува е тоа што истражувачите не знаат од каде доаѓаат новите вирусни варијанти. Линиите на видот се откриени само во ограничени делови од градот и се чини дека не се шират од соседство до соседство. Тие можат да потекнуваат од хронично заразени луѓе или можеби од животински резервоар – но од кое животно? Засега нема цврсти докази за ниту една опција.
„Апсолутно ништо нема смисла“, рече Marc Johnson, виролог на Медицинскиот факултет на Универзитетот во Missouri.
Непознати непознаници
Многу градови ги следат отпадните води за да се обидат да ја следат количината на вирусот SARS-CoV-2 што циркулира во заедницата. Бидејќи луѓето почнуваат да го излачуваат вирусот во фекален материјал пред да почувствуваат симптоми на болеста или да бидат тестирани, нивото на вирусот во отпадните води претходи на зголемување на случаите по тестирањето за околу три недели, рече Johnson.
Но, релативно малку локации спроведуваат генетско секвенционирање на вирусниот материјал пронајден во отпадните води. Dennehy започнал да работи на генетско секвенционирање во Њујорк, откако алфа варијантата јасно стави до знаење дека мутациите на коронавирусот ќе бидат сила со која не треба да се игра. Откако Dennehy и неговите колешки Monica Trujillo, исто така од CUNY, и Davida Smyth, сега од Texas A&M San Antonio, се појавиле во една епизода од популарниот подкаст This Week in Virology во април 2021 година, се појавил и Johnson. Тој направил слично секвенционирање во Missouri и навечер губел од сонот поради вирусните RNA секвенци кои не се совпаѓаа со ништо во глобалните бази на податоци за варијанти на коронавирусот. „Збудалев“, изјави Johnson за Live Science.
Варијантите на Missouri исчезнале кон крајот на април 2021 година и никогаш повеќе не се видени. Но, истражувачите почнале да соработуваат на потемелно секвенционирање на вирусна РНК пронајдена во New York, прашувајќи се дали ќе ги најдат истите секвенци што ги пронашле во Missouri. Не, но пронашле сет од сосема нови непознати секвенци. Истражувачите ги прошириле своите напори со тестирање на отпадните води од сите 14 станици за третман на отпадни води во градот двапати месечно и на крајот изградиле рекорден запис од јануари 2021 година до денес.
Избегнување на имунитет
Истражувачите користат техника која не им дозволува да го секвенционираат целиот вирусен геном, туку се фокусира на околу половина од шилестиот протеин што вирусот го користи за да влезе во клетките. Овој регион содржи клучна област наречена домен за врзување на рецепторите (RBD). Многу мутации кои му овозможуваат на омикронот да ги избегне антителата добиени со вакцинација или неомикронските инфекции се пронајдени на RBD. Мутациите забележани во лозите пронајдени во отпадните води во New York, исто така, делуваат. (Истражувачите го користат зборот „лоза“ за да избегнат забуна со терминот „варијанта на загриженост“ што го користи Светската здравствена организација. Dennehy рече дека, генетски гледано, тоа е истиот концепт: секвенци кои претставуваат уникатни реплицирани популации на вируси кои се генетски поврзани едни со други.)
Истражувачите проучувале четири од овие мистериозни лози, наречени WNY1, WNY2, WNY3 и WNY4. Откриле дека сите тие имаат способност делумно или целосно да ги избегнат антителата кои лесно го фаќаат оригиналниот вирус SAR-CoV-2. Додека крвната плазма на вакцинираните луѓе или луѓе со претходни инфекции можела делумно да ги неутрализира сите четири лози, оваа неутрализација била намалена во споредба со оригиналниот вирус.
„Тоа беа мутации токму таму каде што би очекувале да најдете мутации доколку вирусот се обидува да избегне имунолошки одговор“, рече Johnson.
Мистериозно потекло
Значи, од каде доаѓаат овие мистериозни линии на вируси? Истражувачите проверувале 5.000 други примероци на отпадни води од целиот свет и пронашле винова лоза во само седум примероци и сите од државата New York.
Постојат неколку хипотези, од кои ниту една не е целосно задоволителна. Првата е дека тие доаѓаат од незагадени човечки инфекции. Само помеѓу 2,6% и 12,9% од случаите во New York се секвенционирани, така што сосема е можно ретки варијанти на вирусот да се прикрадат под радарот. Межеби лозите се верзии на вирусот кои ги инфицираат цревата и не се наоѓаат често во носот или грлото од каде се земаат PCR брисевите.
Но, постојат проблеми со овие хипотези. Неколку студии го споредиле цревниот вирус со вирусот на носот и грлото, но досега никој не нашол разлика меѓу нив, изјави Trujillo од CUNY за Live Science. Исто така, географскиот опсег на вирусните лози е ограничен – само 3 од 14-те градски станици за третман на отпадните води се наоѓаат во сливовите. Ако изворот на вирусот се луѓето, тогаш тоа се луѓе кои не се движат премногу.
„Размислувавме за луѓе кои би можеле да бидат врзани за кревет“, изјави Smyth за Live Science. „Долгорочни пациенти кои можеби не се мобилни.“ Но и тоа би било чудно. „Би било чудно да се прошири во локалното население и да не оди никаде на друго место“, рече Johnson.
Друга можност е дека носителот на овие енигматични лози воопшто не е маж. Мутациите забележани во кластерите се гледаат во регионот на геномот поврзан со вирусот кој станува сè повешт во инфицирање на глодарите (кои не можат лесно да се заразат со оригиналниот коронавирус). Њујоршките стаорци беа можен клуч за решавање на загатката, бидејќи ги има многу, живеат во канализација и не патуваат далеку.
Но, истражувачите не успеале да најдат докази што ги поврзуваат стаорците со оваа варијанта. Тимот ја секвенционирал отпадната вода за животински гени, во суштина сакајќи да открие кој освен луѓето „кака“ во канализацијата. Покрај гените на животните што луѓето ги јадат (крави, свињи, кокошки), истражувачите пронашле докази за генетски материјал на мачките, кучињата и стаорците во канализацијата. Но, ниту еден не бил многу распространет. И постројката за третман на отпадни води со најголем дел од мистериозниот коронавирус имале најмал дел од гени за стаорци. Со тоа што неколку недели гените за стаорци не биле детектирани.
Во меѓувреме, популацијата на мачки скитници веројатно не е доволно голема за да ја издржи количината на пренос до која истражувачите дошле од отпадните води, а мачките како домашни миленици не комуницираат често со другите мачки, рече Johnson.
Познато е дека кучињата можат да заболат од Ковид-19, но овие мутации досега не се забележани во случаи на вирус кај кучињата. И би било многу чудно верзијата на Ковид-19 да циркулира меѓу кучињата, но не и луѓето, рече Smyth, со оглед на тоа колку њујорчани се блиски со своите миленици.
Подготовка за следната варијанта
Одговорот на мистеријата може да лежи во редовното секвенционирање на повеќе вирусни геноми од повеќе животни. Smyth of Texas работи на тоа да добие пристап до зоолошките градини за да види дали може да најде нови вирусни варијанти кај различни видови. Тестирањето на отпадни води од пречистителните станица за отпадни води, узводно, исто така, може да биде корисно за стеснување на изворот на помала област, рече Dennehy. Но, голем дел од таа работа сега се префрла на Центрите за контрола и превенција на болести (CDC), така што Dennehy и неговиот тим повеќе нема да имаат пристап до узводните извори на отпадни води.
Се чинело дека варијантата омикрон се појавила од никаде: таа еволуирала од поранешна лоза од варијантата делта која била доминантна во тоа време. Неговото потекло е мистерија. За Dennehy, Johnson и нивните колеги, потеклото на следната варијанта исто така ќе остане мистерија, освен ако не се направи посилен напор да се разбере од каде доаѓаат варијантите. Научниците веќе редовно земаат примероци од грип од популации на птици и предупредуваат кога циркулираат нови соеви кои потенцијално би можеле да се шират кај луѓето. Нешто слично би можело да биде возможно со отпадните води и редовното земање примероци од животни на SARS-CoV-2 – доколку истражувачките агенции дадат приоритет на финансирањето на овој тип на наука.
„Она што го гледаме овде е механизмот или потенцијалниот механизам преку кој се појавуваат различни варијанти“, рече Trujillo. „Тука треба да направиме истражување.
Резултатите од студијата беа објавени на 3 февруари во списанието Nature Communications.
